1961年12月15日,张家川回族自治县、清水县分设时,将原属清水县傅堡、朝阳、后川3个生产大队划归张家川回族自治县,将原属张家川回族自治县盘龙、蒲魏等14个生产大队划归清水县。时,全县政区设张川、马鹿、恭门、龙山、马关、刘堡6区、32个人民公社、342个生产大队、1125个生产队。
1965年3月调整社队规模,撤销6个区工委,全县缩编为张川镇、马关、梁山、连五、龙山、大阳、木河、川王、张良、胡川、张棉驿、刘堡、恭门、平安、马鹿、闫家16个人民公社、191个生产大队、1090个生产队。
1980年6月,增设渠子人民公社。时,全县共设17个人民公社、266个生产大队、1294个生产队、2个居民委员会。
1981年改张川镇人民公社为张川镇。时,全县政区辖1镇、16个人民公社、266个生产大队、1294个生产队、3个居民委员会。
1983年12月改变“政社合一”的人民公社体制,人民公社改为乡(镇)人民政府,乡(镇)下设村民委员会,村下设村民小组。全县设1镇、16乡、266个村民委员会、1294个村民小组、3个居委会。
1984年2月,析张川镇为张家川镇、上磨乡,析龙山乡为龙山镇、四方乡,龙山镇增设南街居民委员会。全县设2镇、17乡、266个村民委员会、1294个村民小组、4个居民委员会。
1992年12月,将大阳乡太原村委会分设为太原和阳湾村委会。1996年8月,将木河乡店子村分设为店子、毛家、水沟三个村委会。时,全县辖2镇、17乡、269个村委会、4个居民委员会。
2003年12月,调整行政区划,撤销四方乡,将该乡的马堡、韦沟、东山3个行政村并入马关乡,将榆树、马河、连柯、四方、韩川、李山6个行政村并入龙山镇;撤销上磨乡并入张川镇;撤销张良乡,将该乡的纳沟、上沟、大堡、杨店4个行政村并入张家川镇,将阴山、袁家、张巴、海河、毛山、袁河、仁湾7个行政村并入恭门镇;撤销渠子乡,将该乡的水滩、下渠、东沟、双庙、吴家、高沟、寨子、陈阳8个行政村并入大阳乡,将大地、圆树2个行政村并入张家川镇,将上渠、八卜子2个行政村并入木河乡,将深坷、后湾2个行政村并入胡川乡。经撤并,全县设3镇、12乡、258个村民委员会、1296个村民小组、4个居民委员会,至2006年底行政区划未变。